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パラドクスエンディング
前提条件としては一度普通にゲームをクリアする。
その後、「逸楽の宮殿ザナドゥ」でフラグメントスキル「グランドクロス」を覚えONにしておく。
後は、見たいエンディングに応じて対象エリアのゲートを閉じておく必要がある。
| エンディング名 | 条件 | ふたりの門出 | 「新都アカデミア-AF4XX」にてアリサにグラビトンコアを渡した後にオーパーツを受け取るか否かの選択に「受け取らない」を選択する |
| とこしえの安息 | 「新都アカデミア-AF4XX」のゲートを閉じてグランドクロスはOFFのまま、ネオ・ボーダムでライトニングへの返答を「受け入れない」にする |
| 巨兵たちの大戦 | 「ビルジ遺跡-AF005」で制御装置を使用しないでアトラスを倒す。その後ヒストリアクロスに出現する「アルカキルティ大平原-XXX」に入る |
| プリンをもってプリンを制す | 「サンレス水郷-AF300」で完熟大王を倒す。その後ヒストリアクロスに出現する「サンレス水郷-XXX」に入る |
| 魂のレプリカ | 「アガスティアタワー-AF200」でデミ・ファルシ=アダムを倒す。その後ヒストリアクロスに出現する「アガスティアタワー-XXX」に入る |
| 償いの夢路 | 「ヲルバ郷-AF200」でカイアス・バラッドを倒す。その後ヒストリアクロスに出現する「ヲルバ郷-XXX」に入る |
| 混沌を継ぐもの | 「新都アカデミア-AF4XX」のゲートを閉じてグランドクロスはOFFのまま進め、ネオ・ボームでONに切り替えておく。「死にゆく世界-AF700」でカイアスを倒す。その後ヒストリアクロスに出現する「死にゆく世界-XXX」に入る |
| 世界の終わりの空 | 「新都アカデミア-AF4XX」のゲートに入り「時空の狭間」でカイアスを倒す。その後ヒストリアクロスに出現する「ネオ・ボーダム-XXX」に入る |
シークレットエンディング
| エンディング名 | 条件 | 女神なき世界 | フラグメント160個全て揃えてから「新都アカデミア-AF500」をクリアするとムービーが新たに追加されている |
